真菌DNA/RNA提取时样本的预处理方法总结

  真菌是生物界的重要类群之一，在农业、工业微生物研究中占据重要的地位。真菌DNA/RNA的提取为病原真菌起源、遗传多样性、致病性等科学研究提供了很大的便利。为确保实验的效果、获得质量更高的DNA/RNA提取，需要对样本做好预处理，本文慧庆小编为大家总结一下真菌DNA/RNA提取时样本的预处理方法。
  

  真菌DNA/RNA提取时样本的预处理方法总结

  

  1. 关注不同类型样本差异

  
  由于不同类型的样本往往具有差异性较大的组成和形态，所以在取样量和处理方式上是有很大不同的。举例来讲，酵母菌菌体小，取样量应该比其他菌菇类样本取样量适当减少；草菇菌体疏松、易研磨，应快速研磨并选择研磨效果较轻的塑料研磨工具；金针菇、海鲜菇等比较难研磨的样本则需要选择金属研磨工具。
  

  2. 选择合适的取样部位

  

  以四种食用菌为样本，分别取菌盖、菌褶相等质量提取核酸，电泳结果见下图：

  

  由图可见，取样部位选择菌褶，提取核酸条带的亮度和条带数量明显增多。所以结合不同样本的具体情况，选择合适的取样部位，能够获得质量更高的DNA/RNA。
  

  3. 注意样本不同生长期的差异

  
  样本萌芽期：个体生长迅速、细胞分裂快，核酸复制和表达均旺盛，基因组核酸和小片段核酸含量均丰富。营养代谢几乎可以忽略，主要是细胞生长分裂所须的消耗，因此杂质干扰相对较少。这个时期的样本较易提取获得相对完整、质量和产量更高的核酸。
  
  快速生长期：相较萌芽期的个体营养代谢较为旺盛，因此提取核酸的杂质干扰稍多。偶尔会出现获得基因组条带较少，小片段核酸较多的情况。
  
  生殖成熟期：细胞开始向不同的放方向分化，因此RNA含量较多，较易获得RNA。
  
  营养积累期：菌菇个体的生长基本停滞，细胞分裂不旺盛，基因表达也较低，可能会呈现基因组DNA稳定，RNA较少的情形。同时次生代谢产物较多，营养代谢也旺盛，因此杂质干扰严重，所以提取核酸可能含有较多杂质。
  

  4.考虑样本所处环境的影响

  
  低温胁迫、干旱胁迫、高温高湿等特殊环境的影响：
  
  低温胁迫：南京农业大学冯志勇等将25℃培养35d的香菇菌丝放在10℃的环境中进行低温处理0-24H，然后提取核酸对ESTs基因进行扩增，结果见下表：
  从上表数据可见，低温胁迫6H或更长时间，ESTs基因至少有60%沉默表达，但随着低温胁迫时间延长，又逐渐恢复表达。
  
  
  反复冻融：反复冻融会造成细胞死亡和破裂，释放出核酸及细胞内的各种酶，造成核酸的降解。所以样本要避免反复冻融，特别是需要提取完整基因组核酸，或需要提取比较脆弱易降解的RNA时。
  
  以上就是小编关于真菌DNA/RNA提取时样本的预处理方法总结，希望对您有所帮助。慧庆生物专业从事核酸提取试剂、生物磁珠等的研发、生产、销售业务，积累了丰富的技术和经验，如果您有疑问及经验建议分享，或者有相关采购需求等，欢迎您留言或者电话联系我们。